NISTさんのホームページから、現時点でver2.0と2.0βを入手することが可能です。

で、全く同じデータを読み込ませたところ(1Gbit)、出力されるP-valueの値には相違点が見られない。
唯一の相違点がfinalAnalysisReportに記載されるLinearComplexityの項目で、ver2.0では結果が正確に出力されなかった部分をβ版で改善したと思われます。

っていう理由でβ版使って良いのかなぁ？

β版を使うにあたっての問題点は、１種類だけテストしたいときにパラメータ設定項目までいかない所かと。
1M * 1Kのデータをぶちこんで待つだけだから、自分の使い方じゃ特に気にはならないけど、ソースコード解析する気もさらさら起きない（ソレ別の論文)です。All Englishだし。

まあ、真性に近いとかそうじゃないとか神のみぞ知るだから、コレもそこまで信じていいもんじゃないらしい(　 ﾟДﾟ)